Постановлением Правительства РСФСР от 26 декабря 1991 года № 76 «О Главном управлении медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения РСФСР» Третье Главное управление при Минздраве СССР было передано Министерству здравоохранения РСФСР и стало именоваться Главное управление медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения РСФСР.
Медико-санитарная часть № 98 Главного управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения РСФСР.

Указом Президента Российской Федерации от 30 сентября 1992 года № 1148 «О структуре центральных органов федеральной исполнительной власти» Главное управление медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации было реорганизовано в Федеральное управление медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации. Медико-санитарная часть № 98 Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации.

Приказом Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации № 100з от 25.07.03г. утверждены изменения в Устав Государственного учреждения «Медико-санитарная часть № 98 Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации».

Учреждение стало именоваться: Федеральное государственное учреждение здравоохранение Центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора № 98 Федерального управления «Медбиоэкстрем» при Минздраве России г. Большой камень.
Сокращенно: ФГУЗ ЦГСЭН № 98 Федерального управления «Медбиоэкстрем» при Минздраве России.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 11 октября 2004г. №1304 «О Федеральном медико-биологическом агентстве» упразднено Федеральное управление «Медбиоэкстрем» при МЗ РФ.
На базе упраздненного Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации образовано Федеральное медико-биологического агентство Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации.
Полное официальное название: Федеральное государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии №98 Федерального медико-биологического агентства»